Налоговое законодательство Республики Казахстан в части, касающейся медицинской сферы, претерпело значительные изменения в 2025–2026 годах. Реформы затронули как налогообложение деятельности медицинских организаций и аптек, так и права физических лиц на получение налоговых вычетов за лечение. В данной статье подробно разбираем актуальные нормы Налогового кодекса РК, постановления Правительства и практику применения вычетов по индивидуальному подоходному налогу (ИПН).

Освобождение от НДС: медицинские услуги и лекарства

Одним из ключевых документов, регулирующих налоговую нагрузку на медицинский сектор, является Постановление Правительства РК от 09 января 2025 года № 1203. Оно устанавливает перечень медицинских услуг, обороты по реализации которых освобождаются от налога на добавленную стоимость (НДС).

Что попадает под освобождение от НДС:

• Медицинские услуги, оказываемые в комплексе в соответствии с законодательством РК субъектом здравоохранения, имеющим лицензию на медицинскую деятельность.
• Услуги в рамках гарантированного объема бесплатной медицинской помощи (ГОБМП).
• Услуги в рамках обязательного медицинского страхования (ОМС).
• Лечение орфанных (редких) и социально значимых заболеваний;

Данная мера направлена на снижение стоимости медицинской помощи для населения и поддержку лицензированных медицинских организаций. Для ТОО и ИП, планирующих заниматься платными медицинскими услугами, наличие лицензии и соответствие перечню Постановления № 1203 является обязательным условием для применения нулевой ставки НДС (освобождения).

Налоговый вычет на медицину по ИПН: права физических лиц

Согласно подпункту 4) пункта 1 статьи 342 Налогового кодекса РК (в редакции статьи 33 Закона РК «О введении в действие Налогового кодекса»), физические лица — налоговые резиденты РК имеют право на применение социальных налоговых вычетов, в т.ч. налогового вычета на медицину.

Ключевые особенности вычета:

• Объект вычета: расходы на оплату медицинских услуг, приобретение лекарственных средств (по рецепту), медицинских изделий.
• Лица, за которых можно получить вычет: сам налогоплательщик, его супруг(а), родители, дети (в т.ч. усыновленные/удочеренные), братья и сестры до 18 лет (до 24 лет при обучении очной формы).
• Дорогостоящее лечение: по дорогостоящим видам лечения (перечень утверждается уполномоченным органом в области здравоохранения) социальный вычет предоставляется в размере фактически произведенных расходов без ограничения лимита, установленного для обычных социальных вычетов. При этом сумма вычета по дорогостоящему лечению не суммируется с остальными социальными налоговыми вычетами (на обучение, взносы в накопительные пенсионные фонды и т.д.) в рамках одного налогового периода.

Необходимый пакет документов для получения вычета:

1. Заявление на предоставление налогового вычета (подается через личный кабинет налогоплательщика на портале e-Salyq.kz или в налоговый орган).
2. Копия договора на оказание платных медицинских услуг (лицензиат должен иметь действующую лицензию).
3. Документы, подтверждающие оплату (чеки, квитанции, выписки со счета, платежные поручения).
4. Справка о доходах (форма 200.00) за налоговый период, за который запрашивается вычет (предоставляется налоговым агентом — работодателем).
5. Медицинские документы, подтверждающие факт оказания помощи (выписка из истории болезни, заключение врачебной комиссии — для дорогостоящего лечения).
6. Документы, подтверждающие родственные отношения (при оплате за членов семьи): свидетельства о рождении, браке и т.д.

Важно: Вычет предоставляеться за налоговый период, в котором произведены расходы. Неиспользованная часть вычета на дорогостоящее лечение не переносится на будущие периоды.

Налоговые режимы для медицинских организаций (ТОО/ИП)

Выбор налогового режима критически важен для частных клиник и врачей-частников. Согласно нормам Налогового кодекса:

• Общий режим: Применяется по умолчанию. Доходы от реализации медицинских услуг (лицензируемых), указанных в Постановлении № 1203, освобождаются от НДС. Однако организация должна вести учет НДС (выставлять счета-фактуры со ставкой 0%) и подавать декларацию по НДС. По КПН (корпоративному подоходному налогу) применяется общая ставка 20%.
• Специальные режимы (например, для малого бизнеса): Применение специальных режимов (патент, упрощенная декларация, розничный налог) для лицензируемой медицинской деятельности часто ограничено или невозможно ввиду требований лицензирования и специфики доходов. Необходимо заранее согласовывать режим с налоговым органом.

Рекомендуется проводить предварительный расчет налоговой нагрузки по КПН и НДС (даже при освобождении от НДС остаются обязательства по учету) для выбора оптимальной организационно-правовой формы.

Изменения в налогообложении аптек и фармацевтического бизнеса (2025–2026 гг.)

В 2025–2026 годах ведется работа по пересмотру налоговой нагрузки на аптечную сеть и больницы с целью сдерживания роста цен на лекарства.

Ключевые моменты:

• КПН по операциям денежно-кредитного рынка: Согласно новым нормам, доходы по операциям денежно-кредитного рынка за 2025 год, облагавшиеся ранее по ставке 10% разово по итогам года, теперь подлежат включению в расчет авансовых платежей по КПН на 2026 год. Это увеличивает текущую налоговую нагрузку на финансовые подразделения холдингов и крупные аптечные сети, использующие факторинг/лизинг.
• Социальные лекарства: На заседаниях Правительства и Парламента обсуждается формирование перечня «социальных лекарств», по которым планируется полное освобождение от налогов (НДС, акцизы, КПН в части реализации), чтобы гарантировать их доступность. По остальным позициям налоги сохраняются.

Медицинское лечение как основание для получения РВП (для иностранцев)

Для граждан иностранных государств (в т.ч. РФ) лечение в медицинских организациях Казахстана является одним из законных оснований для получения разрешения на временное пребывание (РВП).

• Основания: воссоединение семьи, трудовая/миссионерская деятельность, лечение, учеба, открытие бизнеса.
• Для оформления РВП по основанию лечения необходимо предоставить справку из лицензированной медицинской организации РК о необходимости длительного лечения или реабилитации.

Резюме и рекомендации на 2026 год

Субъект	Ключевое действие	Нормативная база
Физические лица (резиденты)	Собирать чеки и договоры за 2025 год для подачи декларации по ИПН до 31 марта 2027 г. (за 2026 год — до 31 марта 2028 г.). Использовать вычет на дорогостоящее лечение без лимита.	Ст. 342 НК РК, Постановление № 1203
Медицинские организации (ТОО/ИП)	Проверить соответствие перечню услуг Постановления № 1203 для применения освобождения от НДС. Вести раздельный учет НДС (освобожденные/облагаемые операции).	Постановление Правительства РК № 1203 от , Ст. 284 НК РК
Аптечные сети / Фармдистрибьюторы	Пересчитать авансовые платежи по КПН 2026 г. с учетом доходов по ДКР 2025 г. Мониторить утверждение перечня «социальных лекарств» для применения нулевых ставок.	Изменения в НК РК 2025–2026 гг., законопроекты по социальным лекарствам
Иностранные пациенты	Оформлять РВП на основании лечения заранее, имея заключение врачебной комиссии казахстанской клиники.	Закон РК «О правовом положении иностранцев»

Налоговая политика Казахстана в сфере здравоохранения в 2025–2026 годах демонстрирует двойственный вектор: с одной стороны, — поддержка пациентов через расширение налоговых вычетов (в т.ч. безлимитных по дорогостоящему лечению) и освобождение социально значимых услуг от НДС; с другой — ужесточение налогообложения фармацевтического бизнеса и крупных медицинских холдингов через механизмы авансовых платежей по КПН и обсуждаемые корпоративные налоги. Налогоплательщикам необходимо внимательно отслеживать изменения в подзаконных актах (постановления Правительства, приказы Минздрава по перечням дорогостоящего лечения и социальных лекарств) для своевременного применения льгот и минимизации налоговых рисков.

---

Данная статья носит информационный характер и не является правовой консультацией. Для принятия решений рекомендуется обратиться к профессиональным налоговым консультантам или в уполномоченные государственные органы (КГД МФ РК). Актуальность нормативных актов верна на 10 сентября 2026 года.